Σε ορισμένες περιπτώσεις , σπάνια πλέον, αναγκαζόμαστε να υποβάλουμε την ασθενή σε μια
ανοιχτή ή χειρουργική βιοψία, δηλαδή σε βιοψία η οποία γίνεται στο χειρουργείο με τομή και αναισθησία.
Δυστυχώς μερικές φορές ανάλογα με την θέση της βλάβης στον μαστό (πίσω από την θηλή ή κοντά στον θωρακικό μυ) ή το μέγεθος της (πολύ μικρή), είναι δύσκολο να πραγματοποιήσουμε μια διαδερμική ή στερεοτατική βιοψία και αναγκαζόμαστε να οδηγήσουμε την ασθενή στο χειρουργείο.
Επίσης σε κάποιες περιπτώσεις η ανοιχτή βιοψία μπορεί να χρειαστεί μετά από μια διαδερμική βιοψία. Είτε όταν το αποτέλεσμα δεν συμβαδίζει με το κλινικό ή απεικονιστικό εύρημα , είτε όταν το αποτέλεσμα αναδείξει κάποιες βλάβες υψηλού κινδύνου όπου ενδέχεται να συνυπάρχει κακοήθεια.
Στην περίπτωση που η βλάβη είναι μη ψηλαφητή (πολύ μικρή, αποτιτανώσεις κ.α.) για να μπορέσουμε να την εντοπίσουμε με ακρίβεια αλλά και να μην αφαιρέσουμε μεγάλο τμήμα του μαστού τοποθετούμε έναν συρμάτινο οδηγό (hook wire). Η τοποθέτηση γίνεται με την χρήση μαστογράφου ή υπερήχων (ανάλογα το εύρημα) συνήθως πριν το χειρουργείο χωρίς γενική αναισθησία, ενώ σε κάποιες περιπτώσεις μπορεί να τον τοποθετήσει ο χειρουργός μετά την χορήγηση γενικής αναισθησίας στο χειρουργείο (μόνο για υπερηχογραφικά ευρήματα). Στην συνεχεία, και κατά τη διάρκεια του χειρουργείου, μέσα από μια μικρή τομή ακολουθούμε το σύρμα ώστε να μας οδηγήσει στην βλάβη. Σε κάποιες περιπτώσεις μπορεί να χρειαστεί να τοποθετηθεί παραπάνω από ένας συρμάτινος οδηγός, ώστε η ύποπτη περιοχή να οριοθετηθεί και ύστερα να αφαιρεθεί ολόκληρη.
Όταν πρόκειται για μαστογραφικό εύρημα (π.χ. αποτιτανώσεις) πάντα ακολουθεί επιβεβαίωση με μαστογραφία ιστού (μαστογραφία παρασκευάσματος) ότι έχει αφαιρεθεί σωστά η ύποπτη περιοχή, ενώ στα υπερηχογραφικά ευρήματα η επιβεβαίωση συνήθως γίνεται με ταχεία βιοψία.
Πλεονέκτημα της ανοιχτής βιοψίας είναι η πλήρης αφαίρεση της βλάβης. Ανάλογα με το αποτέλεσμα της ιστολογικής εξέτασης μπορεί να είναι θεραπευτική και να γλυτώσει τη γυναίκα από ένα δεύτερο χειρουργείο.